到2025年，以深圳医学科学院为中枢和桥梁的深圳医学科技协同创新共同体基本建成，部分重点领域研究取得进展，针对重点人群和重大疾病的防治技术获得阶段性突破，医学科技创新能力得到提升，深圳医学科学院运行机制逐步完善，有中国特色的社会主义法治化研究院所基本定型。
到2035年，以深圳医学科学院为核心引擎的粤港澳大湾区医学科技协同创新体更加成熟定型，重点领域研究取得重大进展，针对重点人群和重大疾病防治关键技术获得显著突破，医学科技创新能力显著增强，在医学科技创新体系建设、制度安排、规则对接方面形成可复制可推广的经验，成为科技创新引领健康城市发展的范例。
到本世纪中叶，深圳医学科学院成为全球著名医学研究机构，粤港澳大湾区医学科学竞争力、创新力、影响力全球卓著。
