冷冻电镜数据处理平台 CoCo（Cryo-EM Copilot）迎来 v0.3.2 版本更新。本次更新支持提前创建下游任务：对于无需人工审核的流程，上游任务完成后，下游任务可自动运行。新版同时支持批量操作，明确区分 DFR 与 SGD 两类三维重构入口，并新增独立的 CryoSPARC 导出任务，帮助研究者在同一项目中连续衔接颗粒处理、三维重构与后续分析。CoCo 由胡名旭团队（深圳医学科学院）维护，为冷冻电镜数据处理提供一体化网页工作台。
CoCo 官方网站：https://www.cocoproject.org.cn
图 1｜CoCo官网展示
在 v0.2.0 中，用户必须等到上游任务完成后，才能新建下游任务。CoCo v0.3.2 支持提前创建下游任务：研究者可以在上游尚未完成时配置后续分析步骤，预先组织任务之间的依赖关系。上游任务完成后，若后续环节无需人工审核（human review），下游任务即可自动运行。减少逐项等待结果、再创建任务的往返操作。已有任务及其上下游依赖继续保留在项目视图中，便于确认数据来源和回看处理过程。
图 2｜建立后续任务，预先组织依赖关系
对于需要人工判断的分析环节，研究者仍可先评估上游结果、选择输出，再决定下一步处理。新版既支持提前安排明确的分析路径，也保留根据结果逐步推进的方式，使无需人工审核的步骤能够连续运行，减少任务间的手动衔接，让研究者把精力集中在结果评估和分析决策上。
同一项目中常会积累多组相关任务。v0.3.2 支持选中多个可见任务，集中执行当前支持的批量操作，方便研究者处理同一工作流中的多个任务。
操作过程中，界面保留相关任务及其依赖关系，便于结合上下游情况进行选择。批量提交前，请检查各任务的运行队列设置，确认其符合任务需求。
图 3｜在工作流视图中选择多个任务，集中执行批量操作
新版将原有通用的 Reconstruct 入口细化为 3D Reconstruction (DFR) 和 3D Reconstruction (SGD) 两项独立选择。研究者在创建任务时即可选择对应的重构路径，并与已有的颗粒处理和算法分析流程衔接。
Export to CryoSPARC 作为独立任务加入项目工作流，可与颗粒处理、CryoSieve、CryoPROS 及三维重构任务衔接。研究者可在项目内创建导出任务，将相关输出交由 CryoSPARC 继续处理，同时查看其上游关系，追踪数据来源与处理路径。
图 4｜三维重构选项（左）与 CryoSPARC 导出入口（右）
在单颗粒冷冻电镜分析中，最终颗粒集（final stack）的质量直接影响三维重构结果。CryoSieve 通过迭代分析，从最终颗粒集中筛选结构信息量更高的颗粒子集。相关研究表明，在测试数据集中，这一策略能够以更少的颗粒获得同等或更高分辨率的三维结构，并改善重构振幅。
在 CoCo 中，研究者可以将 CryoSieve 筛选任务与颗粒输入、后续重构和结果导出衔接，在查看筛选输出后继续推进分析，使颗粒质量优化融入已有工作流。
研究成果：A minority of final stacks yields superior amplitude in single-particle cryo-EM，发表于 Nature Communications（2023）。
优势取向会使部分投影视角的信息不足，进而影响颗粒的姿态估计和三维重构。CryoPROS 采用条件变分自编码器（Conditional VAE），生成与成像条件相匹配的辅助颗粒，并借助这些信息校正姿态估计偏差，帮助改善优势取向数据的重构结果，减少对倾斜数据采集的依赖。
在 CoCo 中，CryoPROS 按准备、训练和生成三个阶段组织任务。研究者可以结合阶段性结果衔接后续重构或导出，使优势取向校正与既有分析流程保持连贯。
研究成果：CryoPROS: Correcting misalignment caused by preferred orientation using AI-generated auxiliary particles，发表于 Nature Communications（2025）。
项目介绍、安装指南与相关算法资料详见 CoCo 官方网站。
官方网站：https://www.cocoproject.org.cn
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