课题组致力于开发并优化针对临床样本进行高通量、深覆盖度、高重复性定量分析的蛋白质组学技术。基于这一技术平台，我们将系统解析人类蛋白质组的变异特征及其决定因素。通过分析大规模自然人群与疾病人群队列，构建包含绝对定量信息的健康与疾病状态人类蛋白质组参考图谱，进而利用这些图谱解析遗传变异对蛋白质丰度与功能的影响，并将这些发现应用于靶点识别。最后我们将致力于发现和验证用于疾病早期筛查、预后评估及人群分层的蛋白质生物标志物。

牛丽丽博士师从蛋白质组学领域领军人物Matthias Mann 教授（德国最高被引学者，H-index 277），聚焦蛋白质组学在肝病标志物与机制研究中的应用，系统揭示了非酒精性脂肪性肝病相关的新型血浆蛋白变化，发现了用于监测胰促素双重激动剂（GLP-1/GIP）治疗效果的潜在生物标志物，并通过一项600余人的临床队列，结合机器学习，开发了针对酒精相关性肝病的无创蛋白质组学诊断模型，实现了基于血浆蛋白质组的早期识别与风险预测，性能优于或可媲美现有多项临床检测方法。

博士后期间与Simon Rasmussen教授团队合作并将研究方向拓展至蛋白表达量的全基因组关联分析，实现跨组学整合。通过对3,000余名丹麦儿童与青少年血浆蛋白质组和基因型的分析，系统描绘了一千多种血浆蛋白在发育阶段首年龄、性别、青春期、肥胖状态及遗传调控规律，填补了发育期蛋白质遗传调控研究的空白，并为理解青春期生理变化提供了分子层面的新视角，同时发现多种心血管代谢疾病的潜在因果靶点。

自2023 年12月起，申请人担任全球知名制药企业诺和诺德高级研究科学家，从事基于计算生物学的心血管及代谢疾病药物靶点研发，积累了丰富的转化研究经验。

成果同步构建交互式数据平台，供研究人员自由探索：

Liverproteome.org

Pqtl.org

研究成果以第一/通讯作者身份在Nature Genetics、Nature Medicine、Molecular Systems Biology（x2）等期刊发表论文6篇；另以合作作者身份在Nature Biotechnology、Nature Communications 等期刊发表论文13篇。此外，以第一作者身份参与撰写英文专著 The Human Gut-Liver Axis in Health and Disease（Springer）；论文总被引用逾1800次，H-index 17（数据来源：Google Scholar，截止2025 年11月）。相关成果被Nature Medicine 和 Nature Genetics 专题评论，并被Nature, Cell等高影响力期刊引用。

图1所示研究内容涵盖三大方向：技术流程优化与开发、生成高质量且具转化价值的稀缺人类蛋白质组图谱，以及开展针对疾病早期诊断、预后判断、治疗反应评估和潜在新药靶点发现的应用研究。

2023年中国人类蛋白质组组织π-Hub“明日之星奖”

2022年哥本哈根大学“UCPH:BII Life Science Innovation Award

2019年欧洲蛋白质组学协会“Young Proteomics Investigator Club Challenge 2.0”冠军

1.Lili Niu#; Sara Elizabeth Stinson; Louise Aas Holm; Morten Asp Vonsild Lund; Cilius Esmann Fonvig; Leonardo Cobuccio; Jonas Meisner; Helene Bæk Juel; Joao Fadista; Maja Thiele; Aleksander Krag; Jens-Christian Holm; Simon Rasmussen*; Torben Hansen*; Matthias Mann*; Plasma proteome variation and its genetic determinants in children and adolescents, Nature Genetics, 2025, 57:635-646

2.Lili Niu#; Maja Thiele; Philipp E Geyer; Ditlev Nytoft Rasmussen; Henry Emanuel Webel; Alberto Santos; Rajat Gupta; Florian Meier; Maximilian T. Strauss; Maria Kjærgaard; Katrine Lindvig; Suganya Jacobsen; Simon Rasmussen; Torben Hansen; Aleksander Krag; Matthias Mann*; Noninvasive proteomic biomarkers for alcohol-related liver disease, Nature Medicine, 2022, 28(6):1277-1287

3.Lili Niu#; Philipp E Geyer; Rajat Gupta; Alberto Santos; Florian Meier; Sophia Doll; Nicolai J. Wewer Albrechtsen; Sabine Klein; Cristina Ortiz; Frank E Uschner; Robert Schierwagen; Jonel Trebicka*; Matthias Mann*; Dynamic human liver proteome atlas reveals functional insightsinto disease pathways, Molecular Systems Biology, 2022, 18(5):e10947

4.Lili Niu#*; Karolina Sulek; Catherine G. Vasilopoulou; Alberto Santos; Nicolai J. Wewer Albrechtsen; Simon Rasmussen; Florian Meier; Matthias Mann; Defining NASH from a Multi-OmicsSystems Biology Perspective, Journal of Clinical Medicine, 2021, 10(20): 4673

5.Lili Niu#; Philipp E. Geyer#; Nicolai J. Wewer Albrechtsen; Lise Lotte Gluud; Alberto Santos; Matthias Mann; Peter V. Treit; Jens J. Holst; Filip K. Knop; Tina Vilsbøll; Anders Ellekær Junker; Stephan Sachs; Kerstin Stemmer; Timo D. Müller; Matthias H. Tschöp; Susanna M. Hofmann; Matthias Mann*; Plasma proteome profiling discovers novel proteins associated with nonalcoholicfatty liver disease., Molecular Systems Biology, 2019, 15(3): e8793-e8793

6.Lili Niu#; Matthias Mann*; Quick and clean: Cracking sentences encoded in E. coli by LC–MS/MS, de novo sequencing, and dictionary search, EuPA Open Proteomics, 2019, 22-23: 30-35

7.Henry Webel#;Lili Niu; Annelaura Bach Nielsen; Marie Locard-Paulet; Matthias Mann; Lars Juhl Jensen; Simon Rasmussen*; Imputation of label-free quantitative mass spectrometry-basedproteomics data using self-supervised deep learning, Nature Communications, 2024, 15(1)

8.Alberto Santos#;Ana R. Colaço; Annelaura B. Nielsen;Lili Niu; Maximilian Strauss; Philipp E. Geyer; Fabian Coscia; Nicolai J. Wewer Albrechtsen; Filip Mundt; Lars Juhl Jensen; Matthias Mann*; A knowledge graph to interpret clinical proteomics data, Nature Biotechnology,2022, 40: 692-702

9.Thiele M#, Villesen IF,Niu L, Johansen S, Sulek K, Nishijima S, Espen LV, Keller M, Israelsen M, Suvitaival T, Zawadzki A, Juel HB, Brol MJ, Stinson SE, Huang Y, Silva MCA, Kuhn M, Anastasiadou E, Leeming DJ, Karsdal M, Matthijnssens J, Arumugam M, Dalgaard LT, Legido-Quigley C, Mann M, Trebicka J, Bork P, Jensen LJ, Hansen T, Krag A*; MicrobLiver consortium; GALAXY consortium. Opportunities and barriers in omics-based biomarker discovery for steatotic liver diseases. J Hepatol. 2024 Aug;81(2):345-359. doi: 

10.1016/j.jhep.2024.03.035.