冷冻电镜数据处理平台 CoCo（Cryo-EM Copilot）迎来 v0.2.0 版本更新。本次更新重点推出两项项目级功能：一是项目任务页新增数据作业流，以图形化方式呈现任务的上下游关系；二是支持项目多用户共享和访问控制，并新增管理员用户管理页面。研究者由此可以更直观地追踪任务链路，部署方也能统一管理用户和项目权限。此外，日志、运行状态及 CryoPROS 的使用体验也得到同步优化。CoCo 由胡名旭团队（深圳医学科学院）维护，为冷冻电镜数据处理提供一体化网页工作台。

CoCo 官方网站：cocoproject.org.cn

v0.2.0 功能更新

v0.2.0 将任务关系与用户权限纳入项目工作流，核心更新如下：

项目级数据作业流：呈现完整任务链路

项目任务页默认以数据作业流视图呈现，集中展示各项任务及其上下游关系。用户进入项目后，即可从全局链路中查看任务间的关联，无须在多个任务页面之间反复切换、查找上下文。

DAG 默认视图展示

多用户管理：项目共享、权限控制与管理员入口

项目可共享给不同用户，并为其配置访问权限；项目内支持查看权限和配置共享，管理员端则新增用户管理页面，可集中管理账户。CoCo 由此支持成员边界清晰、权限灵活可配的多用户部署。

多用户管理页面

其他同步更新

• 日志与运行状态：新增标准化 Job Log 系统，集中汇总 stdout、stderr 和 event log；同时优化首页、侧边栏及任务详情页中的状态与进度展示和运行操作。

• CryoSPARC 集成：新增连接设置验证和邮箱配置，便于在部署时核验配置，提升集成可靠性。

• CryoPROS 输出：CryoPROS Generate 任务新增 particle metrics 解析和展示功能，使结果信息更加完整。

CoCo 是什么

冷冻电镜数据处理通常需要在 RELION、cryoSPARC 和独立算法工具之间频繁切换。不同软件在数据格式、操作方式和运行环境方面存在差异，项目上下文也容易分散。CoCo 为这些环节提供统一的网页入口，用于组织项目、衔接现有工作流，并调用平台集成的分析模块。

CoCo 的定位并非替代 RELION 或 cryoSPARC，而是在现有流程基础上提供统一的操作与组织界面：研究者可以在同一工作台中准备项目、发起任务、查看状态与结果，再根据需要返回原有的冷冻电镜处理流程。

基本工作方式

• 以 CoCo 网页端作为项目入口，集中管理任务上下文。

• 按分析需求调用 CryoSieve、CryoPROS 等模块。

• 衔接 RELION、cryoSPARC 的相关路径和数据，减少重复切换。

CoCo 工作示意图

核心算法模块

CryoSieve —— 颗粒智能筛选

CryoSieve 用于对单颗粒冷冻电镜的最终颗粒集进行质量筛选。它通过迭代选择结构信息量更高的颗粒子集，以更少的颗粒达到相同或更高的分辨率，并改善重构振幅。

研究成果：“A minority of final stacks yields superior amplitude in single-particle cryo-EM”， Nature Communications（2023）。

CryoSieve 开源代码：github.com/mxhulab/cryosieve

CryoPROS —— AI 驱动的优势取向校正

优势取向会导致部分投影视角缺失，进而影响颗粒的姿态估计和三维重构。CryoPROS 利用条件变分自编码器生成与成像条件相匹配的辅助颗粒，并借助这些信息校正姿态估计偏差，从而减少对倾斜数据采集的依赖。

研究成果：“CryoPROS: Correcting misalignment caused by preferred orientation using AI-generated auxiliary particles”， Nature Communications（2025）。

CryoPROS 开源代码：github.com/mxhulab/cryopros

安装与使用

CoCo 是面向结构生物学研究者开放的网页端工具。运行环境要求 Java 8 或更高版本；安装 CoCo 托管运行时后，即可使用平台集成的模块。如需调用 RELION 或 cryoSPARC 的相关作业路径，需先在 CoCo 中完成相应配置。完整安装指南请参阅官方网站。

获取方式

CoCo 是一款网页端工具，面向全球结构生物学研究者免费开放。

官方网站：cocoproject.org.cn

开源代码：CryoSieve · CryoPROS（详见各模块 GitHub 仓库）